Nella stagione 2006-2007 il Cesena confermò alla guida tecnica Fabrizio Castori, reduce da due campionati consecutivi conclusi con la qualificazione ai playoff. L’annata si aprì in un contesto senza precedenti per il calcio italiano: poche settimane dopo la vittoria della nazionale ai Mondiali di Germania, gli effetti dello scandalo Calciopoli ridisegnarono il campionato di Serie B, che si presentò ai nastri di partenza con la presenza della Juventus, retrocessa d’ufficio, e di due piazze storiche come Napoli e Genoa, dando vita a una delle edizioni più competitive e seguite della categoria. In questo scenario il Cesena, ridimensionato dalle cessioni di alcuni dei suoi giocatori più rappresentativi, affrontò il torneo con obiettivi meno ambiziosi, riuscendo comunque a disputare un buon girone d’andata. Nella seconda parte della stagione il rendimento dei bianconeri calò sensibilmente e la squadra perse progressivamente terreno, pur riuscendo a conservare un margine sufficiente sulla zona retrocessione. Il Cesena concluse così il campionato al sedicesimo posto con 49 punti, ottenendo la salvezza con due giornate d’anticipo. Tra i protagonisti dell’annata spiccarono Papa Waigo, miglior marcatore della squadra con 15 reti complessive, Graziano Pellè, autore di 11 gol, ed Emiliano Salvetti, che contribuì con 9 reti confermandosi uno dei punti di riferimento dell’organico. In Coppa Italia il Cesena superò la Lucchese nel primo turno, ma venne eliminato nel turno successivo dalla Juventus, che si impose per 2-1 allo stadio Dino Manuzzi.